Fakulteti i Shkencave Mjekësore ka për qëllim kryesor organizimin e proçesit të mësimdhënies dhe të kërkimit shkencor, zhvillimin dhe përhapjen në nivele më të larta intelektuale të dijes në shkencat mjekësore.
Fakulteti i Shkencave Mjekësore promovon zhvillimin e lirë të studimit, proçesit mësimor dhe të kërkimit shkencor, bashkëpunimin në shkallë të gjerë me institucione të arsimit të lartë dhe të kulturës, kombëtare dhe ndërkombëtare, hapjen ndaj komunitetit shkencor kombëtar dhe ndërkombëtar, si dhe bashkëpunimin me administratën shtetërore.
Fakulteti i Shkencave Mjekësore aspiron përmbushjen e misionit të tij arsimor në frymën e lirisë dhe të respektit të dinjitetit human, pluralizmit të ideve, transparencës së proçedurave si dhe promovon mendimin e lirë të pedagogëve dhe studentëve, duke u siguruar mundësi të barabarta për punësim dhe studim.
Personeli akademik, joakademik dhe studentët e Fakultetit të Shkencave Mjekësore bashkëpunojnë në përputhje me funksionet dhe përgjegjësitë e tyre të njohura nga legjislacioni në fuqi, për arritjen dhe realizimin e qëllimeve institucionale.
Fakulteti i Shkencave Mjekësore kujdeset për cilësinë e mësimdhënies në arsimin e lartë në të gjitha ciklet dhe nivelet e parashikuara me ligj, vepron në fushën e formimit kulturor dhe profesional dhe synon gjithashtu formimin dhe përditësimin e personelit të tij.
